A Pesquisa é desenvolvida numa perspectiva interdisciplinar, envolvendo alunos e professores da graduação e da pós-graduação, com o objetivo de colaborar com o avanço da ciência e da tecnologia. A Pesquisa tem uma preocupação fundamental com a formação de futuros pesquisadores, para tanto, promove o Programa Institucional de Bolsa de Iniciação Científica, que é dirigido aos alunos de graduação.

A Pesquisa está sob a responsabilidade da Coordenadoria de Pesquisa, subordinada à Diretoria de Pesquisa e Pós-Graduação. A Coordenadoria é composta por cinco Centros de Pesquisa, organizados em função das áreas de conhecimento, a fim de facilitar a inserção de alunos e professores dos diferentes cursos de graduação e de pós-graduação. Essa organização favorece que as pesquisas realizadas nos Centros de Pesquisa sejam disciplinares à medida que atendem às características específicas de suas respectivas áreas de conhecimento, como também interdisciplinares em função da complexidade de seus objetos de estudo.

No caso das Linhas de Pesquisa Interdisciplinares, a alocação aos Centros é realizada em função das características de seus objetos de estudo e do campo de aplicação dos resultados obtidos. O Centro de Pesquisa em Ciências da Educação ilustra essa organização, pois suas linhas de pesquisa são por excelência interdisciplinar. No entanto, as linhas tratam da formação do sujeito no sentido mais amplo, o que permite sua associação com as Ciências da Educação e outras Ciências afins.

Os Centros de Pesquisas são gerenciados por um Pesquisador Responsável, que responde pelas características das áreas nas quais as pesquisas de seu Centro são desenvolvidas. Os Centros existentes são o de Ciências da Educação, Ciências Exatas e Tecnologia, Ciências Humanas e Sociais, Ciências da Saúde e Ciências Sociais Aplicadas. Os Centros têm Linhas de Pesquisa Institucional, que foram determinadas em função das características regionais e das habilidades e competências de seus participantes, professores e alunos.

Os professores e alunos da Braz Cubas inscrevem seus projetos nas linhas de pesquisa, quer sejam de iniciação científica, monografia de conclusão de graduação e de pós-graduação, dissertação de mestrado entre outras atividades desenvolvidas na universidade. Para a inscrição, os professores e alunos devem submeter o projeto de pesquisa à análise do Centro de Pesquisa correspondente.

Para as linhas de pesquisa são institucionais, a Universidade oferece recursos materiais, tecnológicos e de supervisão para o desenvolvimento das pesquisas com recursos próprios. Atualmente, a Braz Cubas tem dois projetos financiados pela FAPESP, um na área das Ciências da Saúde e outro nas Ciências da Educação.